En tant qu’asbl, le SeTIS Bruxelles dispose de diverses sources de financement pour la réalisation de ces missions.
Le Collège Communautaire Francophone de la Région de Bruxelles-Capitale (COCOF) finance les actions du SeTIS Bruxelles dans le cadre de la cohésion sociale, de la santé et la promotion de la santé, et des initiatives pour les primo-arrivants.
Depuis le 1er septembre 2018, Le SeTIS Bruxelles reçoit une subvention de la part de la Communauté française de Belgique (Fédération Wallonie-Bruxelles) afin de financer les prestations réalisées dans le cadre de la scolarité obligatoire.
Dans le cadre de la Programmation 2017-2020, le Fonds Social Européen finance, à travers le programme FAMI (Fonds Asile Migration et Intégration, AMIF en anglais), l’action du SeTIS Bruxelles auprès des ressortissants extra-européens en séjour légal.
La Région de Bruxelles-Capitale finance, par le biais de son agence régionale pour l’emploi Actiris, les contrats ACS et ACS Insertion Jeunes, indispensables au bon fonctionnement du SeTIS Bruxelles.
L’agence de la région Perspective.Brussels a mis en place un programme DASC « Soutien aux activités d’accompagnement à la scolarité et à la citoyenneté des enfants et des jeunes » pour la période 2019-2021. Cette subvention permet de répondre aux besoins des enfants et de leur famille résidant en Région de Bruxelles–Capitale.
Le SeTIS Bruxelles collabore avec plusieurs CPAS de la Région de Bruxelles-Capitale dans le cadre de convention de mise à l’emploi par le biais de contrats d’insertion professionnelle Article 60§7.
En 2020, le SeTIS Bruxelles a été sélectionné par le Fonds Venture Philanthropy de la Fondation Roi Baudouin pour travailler au développement de l’asbl à travers la mise en place d’une politique qualité intégrant le bien-être au travail et la transition numérique.